Загальновизнаними вадами вегетаріанського харчування вважаються дефіцит амінокислот, заліза, цинку, кальцію, вітамінів D та В12, поліненасичених Омега-3 жирних кислот, харчових волокон. Крім того, рослинний білок має малий амінокислотний склад і гірше засвоюється організмом.
Головний недолік дієт з відсутністю раціону м'яса і риби у тому, що з отримання деяких поживних речовин доводиться докладати спеціальні зусилля. Це стосується, наприклад, білка, омега-3 жирних кислот, кальцію, вітаміну D, вітаміну В12, заліза, цинку та йоду.
За підсумками з'ясувалося, що люди, які відмовилися від продуктів тваринного походження, мали нижчі показники ультразвуку кісток у порівнянні з другою групою, також у них виявили знижені рівні кальцію в сечі, концентрації цинку, селенопротеїнів та нестачу загальної кількості жирних кислот.
Дефіцит амінокислот Рослинний білок має малий амінокислотний склад і значно гірше засвоюється організмом. Продукти тваринного походження, зокрема м'ясо, містять усі незамінні амінокислоти, а рослинних продуктах однієї чи кількох таких амінокислот може бракувати.